农产品质量安全问题涉及生产、加工和流通等诸多环节，既需要技术方面的支持，也需要法律、制度、监管方面的保障，既需要政府的作为，也需要企业农户和消费者等利益相关者的共同努力。智慧农业的实现，必须是建立在好的农产品质量安全体系之上的。
我们可以通过编码管理系统、生产基地管理系统、信用管理系统、农产品质量安全平台建设、质量检测管理系统、生产过程管理系统、农产品质量安全溯源系统等管控农产品质量安全的整个流程体系。产地编码管理，是参照农业部产地编码规则，结合本地农业生产化发展的实际情况，建立健全基于本地地域特点的产地编码体系。智慧农业将产地编码作为农产品基地准出的必备条件，实现对农产品原产地的溯源监管。农产品产地编码将市县区、乡镇街道、村、地块单元、产地类型、认证类型等进行划分。可以快速了解产品出产地信息。
溯源码编码管理，溯源码编码统一编码本地农业生产企业、生产基地、合作社、村民小组、农户和农产品，监理本地农产品溯源条码编码体系，为企业、基地、合作社或村民小组分配相应的溯源条码码段。溯源条码包括企业名产、商品名称和生产加工信息，方便消费者通过溯源条码查询了解农产品的产地、企业和生产加工信息。溯源条码将采用一维码和二维码相结合的方式。