现代农业的快速发展加快推进农业新兴产业的发展，但实现农业现代化的过程还存在不少制约因素。
农业本身是“露天工厂”，农业生产过程中对自然环境和生长因子的控制水平不高，农业生产风险的不确定性和动物疫情的突发性难以掌控，农产品价格不确定，农民受益不稳定。农业化发展水平还不适应现代市场经济的要求，以高新技术应用为主的农业高效规模化水平不高，农业组织化还处于初级阶段，农业总体上的生产还未有根本改变，农业生产还未形成产前、产中、产后全过程的紧密连接，一级生产、流通、消费相互衔接的现代农业产业体系。
农业信息化水平不高，信息技术在农业生产、流通、管理、监控等各个环节的应用不够广泛，缺少典型示范。智慧农业在现代农业中的显示度不高，严重影响了农业资源的利用率和生产效率的提高。
农业生态环境越来越突出，农村资源污染治理压力大，传统农业生产方式和管理模式已难以为农产品的质量与安全提供可靠保障，农业的功能单一，其生产功能、文化功能、生态功能、休闲功能等综合功能未协调发展起来。农业服务产业化水平不高，农业外延功能潜力还有待打理挖掘和开发利用，还需大力提高农业品牌效应、区域特色和综合竞争力。