农产品质量安全追溯系统以农产品生产、流通、销售产品为研究对象，以生产企业直至销售终端超市或社区便民服务中心为基本模式，分别完成了三个部分的系统设计。
在开发农产品质量安全追溯系统设计中包含三个部分，第一部分时候产品信息录入，生产厂家可通过终端软件录入农产品从土壤耕作、种子选取、发芽、幼苗、开花、结果、收获、储藏、运输等各个阶段的土壤养分、温湿度、光照强度、水质监测、农药化肥使用、采摘时间、作物名称、数量等情况进行管理。
第二部分是将各个阶段的情况录入软件平台，将数据上传到中心数据库，在农产品包装时，系统通过一定的编码规则，生成带有产品生产档案信息的条码，这边是电子标签，第三部分是消费者买到带有电子标签的农产品时，可以将标签上的条码输入质量追思系统中的网站、手机短信、超市扫描机等不同平台，即可查询产品情况。农产品质量安全监管部门和消费者都可以查询与跟踪商品的追溯结果和所涉及企业的生产、销售等各个环节，监管部门有效监管农产品安全以及相关农企，消费者也可有效维权。
通过农产品质量安全溯源系统实现了以农业生产者的生产档案信息为基础，实现对基础信息、生产过程信息等的实时记录、生产操作预警及生产档案的查询和上传等功能的统一管理。